J.J. Winckelmann var faðir nútíma fornleifafræði.

Það var strax á 9. öld sem íslamskir sagnfræðingar í Egyptalandi sýndu egypskum fornleifum áhuga og hámenntaðir Kínverjar grófu sig niður á menningarminjar og tækniuppfinningar forfeðra sinna sem eins konar áhugafornleifafræðingar. En það er þó Þjóðverjinn Johann Joachim Winckelmann (1717-1768) sem telst hafa lagt grunninn að nútímafornleifafræði. Hann var sérfræðingur í grískri og rómverskri list og varð fyrstur til að skipta fornminjum kerfisbundið eftir stíl og tímabilum. Hann beitti ákveðnum rannsóknaraðferðum og dró síðan ályktanir og setti fram kenningar um það samfélag sem skapað hafði tiltekna muni.

Napóleon hélt áfram þessari kerfisbundnu aðferðafræði í herferð sinni til Egyptalands 1798, en þá hafði hann með í för hundruð fræðimanna og listamanna sem áttu að rannsaka landið frá öllum mögulegum sjónarhornum. Þetta leiddi m.a. til þess að mönnum tókst að ráða í híróglífur og til þessa leiðangurs má rekja upphaf Egyptalandsfræði nútímans.

Önnur tímamót í sögu fornleifafræðinnar urðu svo 1836 þegar Daninn C.J. Thomsen setti fram þrískiptingu fornsögunnar í steinöld, bronsöld og járnöld. Um og upp úr miðri 19. öld leiddu svo framfarir í náttúruvísindum, m.a. kenningar Darwins til þess að menn áttuðu sig á tímalengd forsögunnar. Og síðar þróuðust aðferðir við uppgröft og urðu bæði kerfisbundnari og mildari gagnvart fornleifunum.