Enginn veit hver fann upp þverflautuna en sögu hennar má rekja til 800 f.Kr.

Elstu þverflauturnar eru frá 9. öld f.Kr. en þá voru flautur algengar í Kína og Japan. Fyrstu þverflauturnar voru úr tré og afar frumstæðar. Þær voru því lakari hljóðfæri en blokkflautur og sennilega mest notaðar til merkjasendinga.

Í Evrópu voru þverflautur allt fram á 17. öld einkum notaðar í her og þá svokallaðar svissneskar flautur, háværar og gjallandi þverflautur.

Á 17. og 18. öld urðu margvíslegar breytingar á þverflautunni. M.a. var hljómurinn lagaður og tónhæðin líka með því að víkka blástursgatið og skipta hljóðfærinu í þrjá til fjóra liði sem hver um sig hafði eitt eða fleiri göt. Þannig varð þverflautan þróaðra hljóðfæri og gaf möguleika á fleiri tónum.

Tónarnir voru þó misjafnlega hreinir allt fram undir miðja 19. öld, en árið 1847 smíðaði þýski hljóðfærasmiðurinn Theobald Böhm alveg sívala þverflautu með lokum og vogstöngum. Þar með fékkst mun hreinni og kraftmeiri hljómur.