Skýstrókar myndast aðeins þar sem þegar hefur orðið til öflugt þrumuský. Grunninn að skýinu leggur heitt loft sem sogast inn í skýið og gefur frá sér vatnsgufu í dropa sem svo falla til jarðar sem úrkoma.
Slík ský myndast í óstöðugu lofti. Loftmassi er óstöðugur þegar tiltölulega lítil hitaaukning við yfirborð jarðar nær að flytja loftsameindir hátt upp í loftið. Á norðurhveli eykst óstöðugleikinn þar sem loftstraumar snúast réttsælis og öflugustu skýin myndast einmitt á þeim svæðum. Þrumuskýið virkar nú eins og sjálfstæð vél þar sem eldsneytið er hiti og raki. Inni í skýinu stígur heitt loft upp en kaldara loft myndar regn eða hagl sem fellur til jarðar. Undir skýið sogast loft af allstóru landsvæði og niðri við jörð dregst saman mikið loft og sogast upp að skýinu.
Skýstrókurinn myndast undir þrumuskýinu þegar hringsnúningur loftsins verður hraðari. Sé loftið mjög óstöðugt myndast sjálfstætt lágþrýstisvæði undir skýinu og loftið hringsnýst kringum miðjuna. Hringiða myndast sem sogast upp að skýinu. Vegna vindhraðans kringum miðjuna lækkar loftþrýstingur þar og rakinn í loftinu þéttist í vatnsdropa sem gera skýstrókinn sýnilegan. Þegar hringiðan nær alla leið til jarðar litast hún einnig af því efni sem hún sogar upp.
