Það er svokölluð magnetróna sem sendir frá sér örbylgjurnar. Þær sveiflast 2,45 milljörðum sinnum á sekúndu. Þessar sveiflur hreyfa svo hastarlega við sameindum í matnum að hann hitnar. Örbylgjurnar hafa einkum áhrif á vatn, en líka fitu- og sykursameindir, og út frá þeim breiðist hitinn út um allan matinn. Þar eð áhrifin eru mest á vatnssameindirnar hitnar maturinn – og þar með ofninn – yfirleitt ekki nema í 100 gráður, sem er suðumark vatns.
Magnetrónan umbreytir um tveimur þriðju raforkunnar í örbylgjur en afgangurinn hitar magnetrónuna sjálfa. Gangi örbylgjuofninn tómur getur hann ofhitnað og magnetrónan jafnvel eyðilagst. Ofninn getur líka ofhitnað ef málmhlutur er settur inn í hann, því málmurinn virkar þá sem eins konar loftnet.
